H5N1 analyse moléculaire et jeu de piste.
Les souches H5N1 de 2006 sont apparentées
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Les virus de grippe aviaire de tous les 16 sous-types de HA sont retrouvés dans les oiseaux aquatiques à travers le monde entier. Après le passage à un autre hôte aviaire ou mammifère, les virus d‘influenza subissent l‘évolution rapide. Puisque les virus d‘influenza aviaire sont essentiellement transmis par les matières fécales, les mesures de contrôle de maladie insuffisantes peuvent faciliter la propagation des virus.
Dès qu‘un virus d‘influenza envahit une ferme de volaille commerciale, il trouve un nombre optimal d’oganismes susceptibles pour une évolution virale rapide.
Après l‘épidemie de 2005 au lac de Qinghai, la grippe aviaire s’est propagée très rapidement vers le nord-ouest. En juillet la Russie a signalé des épidémies de volaille commerciale en Sibérie et des cas dans la proximité de la frontière Russie/ Kazakhstan. En août, des oiseaux sauvages sont morts de H5N1 au Tibet et dans la Mongolie; en octobre, le virus était apparu en Turquie, en Roumanie et en Croatie. Entre-temps, il a atteint l‘Europe centrale et la scandinavie, l‘Afrique, l‘Arabie et les Indes.
Etant donné que le mode de diffusion par rapport à la distribution géographique est inconnu, l’analyse moléculaire est un moyen important pour contribuer à la compréhension de l’épidemiologie et de la biologie du virus de grippe aviaire.
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Devant la diffusion fulminante à grandes distances trois questions épidemiologiques se posent au premier plan :
- Faut-il assumer une origine commune des souches impliquées ?
- Que peut on conclure au niveau de la dynamique de l’evolution virale ?
- Y a-t-il des indices d‘un spectre d’hôtes elargi ou une transmissibilité altérée?
L’examen comparatif de la HA de 12 isolats d’hiver 2006, disponibles jusqu’à présent, a montré des polyphenismes en 13 acides aminés seulement.
Cette similarité laisse penser d’une part à une très rapide diffusion du virus à travers des grandes distances moyennant un réservoir d’un nombre très limité d’organismes infectés et d’autre part à une stabilité relative du virus impliqué. Le lien génétique à des souches isolées lors de l’epidemie de Quinhai 2005 est très directe.
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Site de clivage
Tous les isolats montrent un motif à acides aminés polybasiques identiques au niveau du site de clivage PQGERRRKKR*GLF. La présence d’ acides aminés polybasiques est caractéristique pour les virus HPAI des sous-type H5 et H7.
gagagagaagaagaaaaaagagaggACTATT
RNA
E R R R K K R G L F
Acides aminés
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Site de liaison du récepteur (Receptor bindung site):
A une exception près on ne trouve pas des polyphénismes suggérant une affinité augmentée envers des mammifères. Un isolat (Irak, humain) montre une substituion dans la région de la liaison du récepteur [N198S (186 in H3 numbering)] qui est typique pour les souches H1 et H3, mais n’est pratiquement pas retrouvée dans les souches de H5.
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L’analyse phylogénétique,
performée d’après la méthode de neighbour joigning, revèle plusieurs clades distinctives, -dont les plus importantes sont celle de Quinhai, une pour le sudestasiatique et une pour Astrakhan (analyse pas confirmée par bootstrap)
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Evolutivité actuelle des souches
Pour déterminer la stabilité génétique actuelle des souches nous avons appliqué la méthode du nonsynonymous/synonymous substitutions ratio. Une valeur > 1 suggère une evolution progressive.
Les valeurs obtenues autour de = 1, soutiennent la notion d’une stabilité relative dans l’evolution dans ces derniers 18 mois
[A/Buzzard/Denmark/6370/06 <=> A/chicken/Oita/8/2004
15 AA difference; 31 BP difference Ks/Ka ratio = 15/16 ≈ 1
A/Buzzard/Denmark/6370/06 <=> (A/migratory duck/Jiangxi/2295/20054 AA difference 8 BP
difference Ks/Ka ratio = 1
A/Buzzard/Denmark/6370/06 <=> (A/black-headed goose/Qinghai/2/2005(H5N1))4 AA difference 7
BP difference Ks/Ka ratio = 15/16 ≈1]
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Particularités:
Dans Buzzard/DK on trouve une mutation au residue D403N qui n’existe chez aucune des autres souches apparentés, mais qui par contre est retrouvée chez des souches sudest-asiatiques. Cette mutation correspond à une G=>A transition àu residue 1203. Il pourrait s‘agir d‘une recombination.
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Conclusion:
L‘Hemagglutinine des isolats de 2006 sont étroitement liés aux isolats de Quinlai de 2005 et montrent les caraceristiques moléculaires typiques des virus HPAI. On ne trouve pas des indices pour une adaptation progressive aux mammifères. Le caractère des mutations / substitutions suggère plutôt une evolutivité génétique modéré.