SELECTION DES VIRUS DANS LA NATURE

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traduction de PLUME

http://www.sciencedaily.com/releases/2006/10/061026185115.htm

Une nouvelle étude a des implications importantes pour la surveillance de la  grippe


Les chercheurs ont rapporté les résultats d'une étude qui change sensiblement la compréhension existante sur la façon dont le virus de grippe évolue et qui pourrait avoir des implications importantes pour surveiller des changements du virus et prévoir quelles souches devraient être employées pour le vaccin de la grippe.
L'étude, qui sera éditée dans le journal en ligne le 26 oct. 2006, Biology Direct, a été entreprise par des chercheurs de National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information (NCBI) et Fogarty International Center, tous les deux faisant partie des National Institutes of Health.

Dans un effort pour comprendre mieux comment la grippe saisonnière se transforme en de nouvelles souches, les chercheurs ont analysé les séquences genétiques d'une grande et représentative collection des deux souches de grippe les plus communes (appelées H3N2 et le H1N1) des saisons 1995-2005 de grippe dans l'état de New-York et en Nouvelle Zélande.

Les données de séquences ont été obtenues à partir du Genome Sequencing Project, qui a récemment produit plus de 1.000 génomes de grippe  entièrement séquencés à partir des isolats cliniques ; le projet est placé et contrôlé par National Institute of Allergy and Infectious Diseases.

L’analyse a révèlé une image de l’évolution de grippe qui était de façon surprenante différente de la conception prévalant sur la façon dont le virus change. L’évolution du virus de la grippe A est généralement regardée comme un processus darwinien typique. Dans ce mode d’évolution, la principale protéine de surface du virus, l’ hemagglutinine (ha), est supposée changer continuellement pour éluder l’immuno-réaction humaine, ayant pour résultat de nouvelles souches dominantes qui éliminent tous les concurrents dans une série de successions rapides.

 Inopinément, cependant, l’étude a constaté que les périodes de sélection intense darwinienne ont expliqué seulement une partie relativement petite de l’évolution de la grippe H3N2 durant la période de dix ans examinée
L’étude a constaté qu’une grande partie du temps le virus H3N2 a semblé être « en stase » ; c’est-à-dire, le gène HA n’a montré aucun excès significatif  dans les régions antigéniques (celles identifiés par le système immunitaire). Pendant ces périodes de stase, aucune des souches co-circulant ne l’est significativement plus que d’autres, apparemment parce que des mutations multiples sont requises pour améliorer sensiblement la capacité des virus d’éluder le système immunitaire.
 En conséquence, une plus grande variété de souches s’accumule. En fin de compte, cependant, une des variantes viendra lors une mutation à réaliser une aptitude plus forte et devenir dominante.. Une fois que la dernière mutation cruciale se produit, l’évolution du virus passe de la stase à un bref intervalle d’évolution darwinienne rapide, où le nouveau virus dominant avance rapidement dans la population humaine et élimine la plupart des autres variantes.
D'apres leurs résultats, les chercheurs concluent que « la vision habituelle de l’évolution du virus de grippe comme un processus conduisant à une sélection rapide et positive est, au mieux, incomplète. »
Puisque les périodes de stase permettent la prolifération de beaucoup de petits groupes de virus apparentés, dont quelques uns pourraient devenir la prochaine variété de virus dominante, les auteurs proposent que le séquençage d’un nombre beaucoup plus grand d’isolats représentatifs pourrait être utile, en augmentant les méthodes de surveillance courantes .
 The study, titled "Long Intervals of Stasis Punctuated by Bursts of Positive Selection in the Seasonal Evolution of Influenza A Virus," is authored by Yuri Wolf, PhD, NCBI; Cecile Viboud, PhD, Fogarty International Center; Edward Holmes, PhD, Fogarty International Center and Pennsylvania State University; Eugene Koonin, PhD, NCBI; and David Lipman, MD, NCBI.    Established in 1988 as a national resource for molecular biology information, NCBI creates public databases, conducts research in computational biology, develops software tools for analyzing molecular and genomic data, and disseminates biomedical information - all for the better understanding of processes affecting human health and disease. NCBI is a division of the National Library of Medicine at the National Institutes of Health (NIH)

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