Grippe aviaire-Dombes : vetos de lyon
(Artois, M., Bicout, D.J.)
Nous proposons d'estimer de façon quantitative et qualitative le risque de survenue d'épizooties dans l'avifaune sauvage (sédentaires et migratrices) et domestique dans les Dombes. La région Rhône Alpes, et plus particulièrement l'Ain, possède un fort potentiel en matière de production avicole. La filière " Label Rouge " et la filière " AOC Poulet de Bresse " ont su développer une production de qualité en employant des techniques d'élevage dites " semi-libre " voire " libre " ou " plein air ". Ces pratiques d'élevage, bien qu'économiquement valorisant, peuvent toutefois permettre le contact entre l'avifaune domestique et l'avifaune sauvage d'autant plus que la région possède un patrimoine ornithologique avec la présence de la zone humide des Dombes. De plus, cette aire géographique se trouve être à la fois sur un couloir de migration (Figure ci-dessous) et le lieu d'hivernage de nombreux oiseaux notamment de plusieurs espèces d'Anatidés.
Contexte épidémiologique
L'Influenza A ou grippe aviaire, encore appelée " peste aviaire ", est une maladie infectieuse contagieuse due à des virus de la famille des orthomyxoviridae, dont les principaux réservoirs sont des oiseaux sauvages. La transmission du virus Influenza des oiseaux aux volailles se fait essentiellement par ingestions des matières fécales contaminées (via les eaux souillées) ou encore par aérosols. Soumise à réglementation par l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE), cette maladie atteint, pour les souches hautement pathogènes, des taux de mortalité très importants allant jusqu'à 100% des volailles en quelques jours.
Limités initialement aux populations aviaires, les virus Influenza A en Asie du Sud Est ont, depuis 1997, commencé à toucher de plus en plus d'espèces animales. Le nombre de cas humains de grippe aviaire est en constante augmentation et les épizooties touchent aussi des espèces comme des félidés sauvages, mammifères marins… En Europe, deux épizooties résultant de l'émergence de souches Influenza Aviaire Hautement Pathogènes ont été déclarées en Italie (2000) et aux Pays Bas (2003). En Chine, été 2005, on a observé une mortalité massive dans l'avifaune sauvage causée par le virus H5N1 asiatique. Plus récemment, des foyers de grippe aviaire dus au virus H5N1 ont été successivement répertoriés en Russie, Turquie et Roumanie suite à l'épisode asiatique.
En France, les études menées par C. Hannoun de 1977 à 1999 et par J.M. Devaux en 1979 sur l'avifaune aquatique de la Baie de Somme ont permis d'isoler 93 souches de virus avec un pic d'infection au mois d'octobre et de confirmer l'existence d'un réservoir sauvage permanent. Cependant, peu d'études récentes ont été publiées sur le suivi épidémiologique de ces viroses aviaires. Entre 2000 et 2003, une enquête de l'Unité Sanitaire de la faune de l'ONCFS, en collaboration avec l'AFSSA de Ploufragran, a montré la présence de virus Influenza faiblement, voire non, pathogène sur plusieurs espèces d'oiseaux capturées dans l'estuaire de la Loire et dans la Dombes. Les espèces concernées étaient essentiellement le Colvert (Anas platyrhynchos), la Sarcelle d'hiver (Anas crecca), la Foulque (Fulica atra) et le Cormoran (Phalacrocorax carbo).
Problématique
Ce projet répond à la nécessité de développer des méthodes et outils permettant la prévision des risques sanitaires encourus par des populations aviaires, voire humaines, face à des agents pathogènes (ré)émergents comme ceux de la grippe aviaire. Il vise aussi à étudier l'influence des facteurs de risques liés aux habitats (zone humide de la basse vallée de l'Ain, notamment la Dombes) à la gestion de ceux-ci (évolution des techniques d'agriculture, d'élevage et implications sur le milieu naturel) ainsi que l'influence des changements globaux, en particulier des changements climatiques. S'inscrivant dans une démarche prévisionnelle, le projet met en oeuvre des outils de modélisation afin de déterminer les probabilités de transmission et propagation des virus en étudiant le comportement des différentes populations intervenant dans le cycle épidémiologique d'Influenza Aviaire. L'espèce aviaire que nous avons retenue pour élaborer un tel modèle de propagation par l'avifaune sauvage est le canard Colvert (Anas platyrhynchos).
Cette espèce (Figure ci-dessus) est connue pour présenter des niveaux de portage sérologique et virologique élevés pour les virus Influenza. A cause de la répartition spatiale et temporelle des populations aviaires sauvages et domestiques, nous considérerons la diffusion des virus à des échelles allant d'une population type (au sein d'un élevage ou au sein d'une remise) à l'ensemble de la zone d'étude. Il s'agira donc de répondre à la question suivante : suite à un contact infectieux quel serait le risque de propagation d'Influenza Aviaire dans la région ? Dans ce travail de thèse nous aborderons cette question selon les axes suivants :
Question 1 : Quel est l'impact d' Influenza Aviaire dans les différentes populations considérées ? Actions développées : Enquête épidémiologique (obtenir une image représentative de la population locale exposée à court terme) ; Modélisation de la propagation intra -population.
Question 2 : Comment interagissent les différentes populations aviaires (notion de contact) ? Actions développées : Etude écologique (quantifier les degrés de contact oiseaux domestiques - oiseaux sauvages) ; Modélisation de la propagation inter-populations.
Question 3 : Rôle de l'environnement ? Action développée : Analyse spatiale, construction du Système d'Information Géographique.
Question 4 : Quelle est la probabilité d'émergence d'une souche hautement pathogène dans ce contexte régional ? Actions développées : Protocole de terrain (estimation de la diversité régionale de souches Influenza et leur variabilité génétique) ; Modélisation de la dynamique génétique des souches couplée aux modèles précédemment développés.
Vers une modélisation du risque
En guise d'illustration, nous présentons (Figure ci-dessous) quelques résultats de simulations d'une épizootie d'Influenza aviaire dans une population de 1000 volailles suite à l'introduction d'un individu en phase d'incubation. A l'instant initial, les oiseaux, tous sensibles ou réceptifs, sont en contact (exposé) avec l'oiseau infecté par une souche de pathogénicité donnée. Les Figures ci-dessous résument l'incidence et la sévérité en terme de morts d'une telle situation en fonction du caractère pathogène de la souche infectante : faiblement (courbe verte), moyennement (courbe bleue) et hautement (courbe rouge) pathogène.
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| Figure1. Proportions d'individus infectés dans une population en fonction du temps et pour différentes valeurs de l'indice (ou caractère) de pathogénicité (IP) de la souche d'Influenza. La courbe rouge représente l'incidence dans une population infectée par une souche Hautement Pathogène d'Influenza dont IP = 2.8 (le maximum étant de 3). Les IP pour les courbes bleue et verte sont respectivement 2,27 et 0,44 (cette dernière correspondant à une souche Faiblement Pathogène). | Figure2. Proportions du nombre de morts cumulés au cours d'une épizootie d'Influenza de la Figure 3, en fonction du temps et pour différentes valeurs de l'indice (ou caractère) de pathogénicité (IP) de la souche d'Influenza. La courbe rouge représente (dont les valeurs ont été multipliées par 10) le nombre de morts dans une population infectée par une souche Hautement Pathogène d'Influenza dont IP = 2.8 (le maximum étant de 3). Les IP pour les courbes bleue et verte (dont les valeurs ont été multipliées par 10) sont respectivement 2,27 et 0,44 (cette dernière correspondant à une souche Faiblement Pathogène). |
Il apparaît clairement sur la Figure 1 que l'incidence instantanée diminue avec l'indice de pathogénicité alors que la Figure 2 indique que le taux de mortalité est plus grand pour une souche moyennement pathogène, et plus petit pour les deux autres souches. En effet, une souche faiblement pathogène tue très peu, les individus infectés permettant ainsi de contaminer une grande proportion de la population. Cela se traduit par une longue persistance du virus dans la population associée à une forte incidence et une faible mortalité. Au contraire, une souche hautement pathogène tue les individus infectés en un temps très court qui ne permet pas la propagation de l'infection ; tout se passe comme si le virus " scie lui - même la branche sur laquelle il est assis ". Il en résulte alors une très brève épizootie à la fois de faible incidence et mortalité. Entre ces deux extrémités, on a la souche moyennement pathogène qui, de par ses caractéristiques, peut engendrer à la fois une forte incidence et une forte mortalité. Ces observations montrent aussi que la dérive génétique des souches sera plus probable à partir des souches faiblement et moyennement pathogènes qui peuvent circuler plus longuement dans les populations aviaires sans les décimer.
source : http://www.vet-lyon.fr/rech/epsp3.php